El reglament que la Generalitat ha posat a informació pública regula l'ús de les instal·lacions i dels més de 5.000 amarraments que hi ha a la marina. En el document es considera tots els amarraments com una concessió de Port Empuriabrava, tot i que amb diferents tipologies per contemplar tant els que gestiona la concessionària com els que són de particulars.

A aquests, se'ls manté l'amarrador i no se'ls fa pagar, però queda subjecte a concessió. Els propietaris, consideren que "no correspon a la concessionària instaurar un nou règim jurídic" i no estan disposats a acceptar-ho, així com tampoc les quotes que els pretenen fer pagar que es justifiquen amb despeses i futures millores que entenen que hauria d'assumir Port Empuriabrava.

L'Associació de Veïns i Amics d'Empuriabrava presentarà al·legacions contra el reglament d'explotació de la marina residencial.